Barcelona hävdade att ett ”domarmisstag” kostade dem en plats i Champions League-semifinalerna och orsakade ”allvarlig sportslig och ekonomisk skada för klubben”.
Som ett resultat lämnade de spanska giganterna in ett andra klagomål till UEFA angående domare i båda omgångarna av matchen.
Barca fick en man utvisad i varje match av sin sammanlagda 3-2-förlust mot spanska rivalerna Atlético Madrid, och tisdagens 2-1-vinst räckte inte för att vända ett 2-0-underläge i den första matchen.
I båda fallen uppgraderades det gula kortet till ett rött kort efter att domaren fått i uppdrag att överväga möjligheten att neka en målchans på en monitor.
Pau Kvarši blev utvisad av Istvan Kovac i den första omgången, medan Barça-försvararen Eric Garcia blev utvisad i den andra omgången av Clement Turpin.
Kovacs kritiserades också av Barça för att ha låtit Atlético-försvararen Marc Poubil fortsätta spela, tillsammans med videoassistentdomaren Christian Dingert, när han hanterade bollen i deras eget straffområde.
Barça hade redan protesterat mot den ”allvarliga bristen på VAR-intervention” efter den första omgången, där UEFA ansåg klubbens anklagelser ”oacceptabelt”.
Efter att ha lämnat in ett andra klagomål till UEFA släppte klubben ett uttalande som hävdade att det fanns ”flera domarbeslut som inte var i enlighet med spelets lagar”.
Barça anklagade de inblandade för ”olämplig tillämpning av reglerna” och kritiserade bristen på VAR-intervention i ”uppenbart viktiga incidenter”.
Uttalandet tillade: ”Den kumulativa effekten av dessa misstag hade en direkt inverkan på matchens flöde och det slutliga resultatet av oavgjort, vilket orsakade betydande sportslig och ekonomisk skada för klubben.”
Barcelonas forward Rafinha, som missade varje match på grund av skada, sa till reportrar efter den andra omgången: ”För mig var den här matchen ett rån. Inte bara den här matchen, utan även nästa.”
Barcelona tillade i ett uttalande: ”Genom detta klagomål upprepar klubben den begäran den tidigare gjort till UEFA och erbjuder sig att samarbeta med UEFA i syfte att förbättra domarsystemet för att säkerställa en mer rigorös, rättvis och transparent tillämpning av konkurrenslagstiftningen.”
