Mourinho sa i sin intervju efter matchen att Vinicius och Prestiani hade berättat olika saker för honom om händelsen.
Den portugisiske tränaren, som hann med 178 matcher för Real mellan 2010 och 2013, citerade den legendariske anfallaren Eusebio som bevis på att Benfica inte är en rasistisk klubb.
Benfica sa: ”Klubben bekräftar tydligt och otvetydigt sitt historiska och orubbliga engagemang för att upprätthålla värderingarna jämlikhet, respekt och inkludering. Dessa värderingar är i linje med de kärnvärden som klubben grundades på och som gör Eusebio till dess största symbol.”
Mourinho och Benficas kommentarer har kritiserats av ett antal personer, inklusive antidiskrimineringsorganisationen Kick It Out.
Kick It Outs ordförande Sanjay Bhandari sa att både klubben och managern hade ”misslyckats”.
”Det är en naturlig tendens att vilja tro på vad spelarna säger, men verkligheten är att de inte lyssnade på det”, sa Bhandari till BBC Sport.
”Det är bara två personer som deltar i det samtalet, och bara två personer som kanske har hört vad som pågick.
”Jag tror att ett bättre svar från en klubb med Benficas stora ställning skulle vara att säga att de kommer att samarbeta med utredningen.
”Detta är väldigt typiskt efter den här typen av diskriminerande incidenter. Diskriminering och gasbelysning är två olika saker.”
FIFA-presidenten Gianni Infantino sa att han var ”chockad och ledsen” över händelsen och berömde Letexier för att ha åberopat antirasismprotokoll.
”Rasism har ingen plats i vår sport och vårt samhälle. Alla relevanta intressenter måste vidta åtgärder och hålla de ansvariga till svars”, tillade han.
”Jag upprepar alltid: Nej till rasism, nej till diskriminering av något slag!”
