Med 95 % av rösterna räknade hade Seguro ett godkännande på 66 %, medan Ventura hade ett godkännande på 34 %.
Den 63-årige centerkandidaten ses som en garant mot Portugals högerextrema krafter och har fått stöd av politiker från båda sidor av det politiska spektrumet i valet.
Även om Andre Ventura, 43, förlorade valet, visar hans andraplats den snabba uppgången för hans högerextrema parti, Chega, som grundades 2019.
Landets premiärminister från april 2024 blir Luis Montenegro, ledare för det liberalkonservativa PSD. Han hade tidigare anklagat Ventura för att vara främlingsfientlig och rasist, rapporterade BBC.
Dess roll är i första hand ceremoniell
Söndagens omröstning var det andra valet för en femårsperiod. Det första valet hölls i januari, med 11 kandidater som ställde upp. Cirka 11 miljoner portugiser var röstberättigade.
Presidentens roll i Portugal är i första hand ceremoniell, men den kommer också med några viktiga befogenheter, bland annat möjligheten att upplösa parlamentet och lägga veto mot vissa lagförslag.
Slutspurten av valkampanjen har kommit i skymundan något av den fruktansvärda stormen ”Leonardo” som har drabbat landet de senaste dagarna. Omröstningen sköts upp i de värst drabbade områdena.
