Forskarna hävdar att denna uppställning tillåter Evo att ”länka mönster på nukleotidnivå till genomiskt sammanhang i kilobasskala.” Med andra ord, om du skickar en prompt med en stor del av genomiskt DNA, kan Evo tolka det på samma sätt som LLM tolkar frågan och producerar utdata som är lämpliga för den tolkningen i genomisk mening.
Forskarna resonerade att Evo med sin utbildning i bakteriegenom borde producera utdata som innehåller regioner som kodar för proteiner med relevanta funktioner, eftersom kända gener kan användas som uppmaningar. Nyckelfrågan är: producerar vi helt enkelt sekvensen av ett protein som vi redan känner till, eller kommer vi fram till en oförutsägbar produktion?
nytt protein
För att börja testa systemet matade forskarna systemfragmenten av gener för kända proteiner och bestämde om Evo kunde komplettera dem. I ett exempel, med tanke på 30 procent av ett känt proteins genetiska sekvens, kunde Evo producera de återstående 85 procenten. Om du tillfrågas om 80 % av sekvenserna kan den returnera alla saknade sekvenser. När en enda gen raderades från ett funktionellt kluster kunde Evo också exakt identifiera och återställa den saknade genen.
Och med en stor mängd träningsdata pekade Evo ut de viktigaste regionerna i proteinet. När ändringar görs i sekvensen är de vanligtvis i regioner av proteinet där variation tolereras. Med andra ord, den träningen gjorde det möjligt för systemet att införliva regler för kända evolutionära gränser för genetisk förändring.
Så forskarna bestämde sig för att testa vad som händer när du ber Evo att skriva ut något nytt. För att göra detta använde de bakteriella gifter. Bakterietoxiner kodas vanligtvis med antitoxiner som förhindrar celler från att ta livet av sig när de aktiverar en gen. Exempel på dessa är många och tenderar att utvecklas snabbt som en del av en kapprustning mellan bakterier och deras konkurrenter. Så teamet utvecklade ett toxin som endast var svagt relaterat till ett känt toxin men som inte hade något känt antigift, och matade in den sekvensen i Evo som en uppmaning. Den här gången uteslöt vi alla reaktioner som verkade likna kända antivenomgener.
